Erstmals erwähnt wird Ruppertskirchen im Jahr 815 als in loco Hrodperhtes ecclesia, was übersetzt im Ort der Ruodprechtskirche bedeutet. Hierbei geht der Name Rupert bzw. Ruprecht vermutlich auf den Gründer der bis 1803 bestehenden Kirche St. Johannes der Täufer zurück.

Während des 30-jährigen Krieges wurde die gesamte Siedlung bis auf die erwähnte Kirche abgebrannt. Wiederbesiedelt wurde erst wieder ab 1807.